十三年前的一場隕石災難，使男主角──秋山祐太失去了青梅竹馬──真戶亞紀，從此以後的人生也都不斷地在失去，這也讓他更加重視目前身邊所有的事物。十三年後的某一天，因失足從高樓墜下時，被一名與亞紀相似的「零式賽博格」──阿爾法給解救，並告訴祐太有關於「零式內戰」的秘密，而她的任務是保護祐太。兩片命運的齒輪因邂逅而轉動起來，隨之襲來的敵人與背後的真相，將給這個世界帶來極大的風暴。

２６８５年，國家發起戰爭，名為『化核』的核彈在太平洋深處發生大爆炸。空前絕後的事件半霎間使部分的國家陷入了戰火之中，好戰、自私、邪惡一息壟罩全世界，瞬間奪走了自然的氣息和無數的生命。水源變得混濁、土地被人類所遺棄、風向逐漸不穩定、繁榮的城市日漸冷清。其中更是傳出人類變成怪物襲擊人的謠言以及不明生物的目擊事件。陷入恐慌的人類們都將罪魁禍首推給『化核』，並將那些事件稱之為『異變 』。