十三年前的一場隕石災難，使男主角──秋山祐太失去了青梅竹馬──真戶亞紀，從此以後的人生也都不斷地在失去，這也讓他更加重視目前身邊所有的事物。十三年後的某一天，因失足從高樓墜下時，被一名與亞紀相似的「零式賽博格」──阿爾法給解救，並告訴祐太有關於「零式內戰」的秘密，而她的任務是保護祐太。兩片命運的齒輪因邂逅而轉動起來，隨之襲來的敵人與背後的真相，將給這個世界帶來極大的風暴。