十三年前的一場隕石災難，使男主角──秋山祐太失去了青梅竹馬──真戶亞紀，從此以後的人生也都不斷地在失去，這也讓他更加重視目前身邊所有的事物。十三年後的某一天，因失足從高樓墜下時，被一名與亞紀相似的「零式賽博格」──阿爾法給解救，並告訴祐太有關於「零式內戰」的秘密，而她的任務是保護祐太。兩片命運的齒輪因邂逅而轉動起來，隨之襲來的敵人與背後的真相，將給這個世界帶來極大的風暴。

密阿雷大會的決賽上，小智與他的神奇寶貝正戰得酣暢之際，突如其來的災難襲擊了整個密阿雷市，幕後黑手閃焰隊的首腦弗拉達利宣稱要幫助憤怒的基格爾德讓這個世界「重生」，並抓了他聲稱「被選上的人」的小智，莎莉娜、希特隆、柚麗嘉決定冒著死亡的風險救回他們重要的夥伴，並阻止閃焰隊的野心！

世上存在一種透過人的思念而重新形成某人的名為「空虛」的生物，而形成的某人被統稱為「碎片之人」或「碎片」，而當中就有管理的工作者在。

主角是他們的其中一人，某天看到了自己的青梅竹馬，而引發的故事。