與災難一同出現的神秘少女，少女施展了如奇蹟般的魔法結束了動亂，但卻沒有記憶。

與當時找到她的少年男爵，卡爾，開始了共同生活。

少女的命運將會帶來光彩奪目的未來，或是混沌黑暗的末日？

在29世紀的未來，人類文明已成長為遍及上千光年的星際國家，並和其他三支外星種族形成鼎立的局面，然而這看似和平的氛圍之下卻暗藏波濤，來自各個陣營的陰謀與野心交織集中在一個乏人問津的邊境殖民星球，燃起足以打破國際平衡的星火 ……

在這魔法世界中，有些人會突然變成魔女造成危害，魔女怎麼變成的沒人知道，只知道魔女危險無比



討厭魔女的主角克里絲達卻得跟四位魔女組成一個隊伍，活力滿滿的夏、渴望喝酒的優花梨、爛好人的希爾薇、全身是謎的古拉，由五人開始的奇幻故事

國際會議、阿克夏的災難以及地下世界等，接連的重大事件，居神無疑只能做出兩難的終極選擇，然而希望能夠做出自己的選擇的，或許不只居神。

未來的攻擊者篇、冰結界的女王篇、荷魯斯之眼篇，分別是道彥、雪千櫻與拓二的故事，舞台都在居神，時間點一致，這就是魔法高校生第二部，他們將在同一個地方、同樣的時間點，以行動做出自己的選擇——