世界記載的文明僅八百年。而人類在這短短的時間內，透過名為"謎文"的文字，從石頭、泥土演進到鋼鐵、機械時代。



故事的主角是個由母親獨自撫養，在森林裡與動物成長的男孩。他眼裡的世界，只有森林與幸福。直到進入了城鎮、社會，失去原有的人事物，才明白幸福並非理所當然。



長大後，基於好奇與理念，追隨起母親的職業"翻譯者"，去解讀來自另個世界的文字"謎文"。

十三年前的一場隕石災難，使男主角──秋山祐太失去了青梅竹馬──真戶亞紀，從此以後的人生也都不斷地在失去，這也讓他更加重視目前身邊所有的事物。十三年後的某一天，因失足從高樓墜下時，被一名與亞紀相似的「零式賽博格」──阿爾法給解救，並告訴祐太有關於「零式內戰」的秘密，而她的任務是保護祐太。兩片命運的齒輪因邂逅而轉動起來，隨之襲來的敵人與背後的真相，將給這個世界帶來極大的風暴。