兩千年前，名為『西元』的世界突如其來的滅亡了。

兩千年後，高中念了五年的林彧總算是畢業。

面對威士克馬教、第四軍團、序列化，以及ＡＩ代理人的紛紛擾擾。

林彧須面對過去的陰影記憶──清溪，在機緣巧合下和序列化的艾瑪共同作戰下，迎接屬於自己的結局。