故事是發生在沒有發生《寶可夢 地平線》故事的平行世界，不是以莉可與羅伊為主角，而是繼續以小智和皮卡丘為主角的故事。故事是講述小智在獲取世界錦標賽的冠軍的幾年後，與一位來自帕底亞地區的少年進行對決，卻被一種神秘的力量打敗，丟失世界冠軍之名。之後，更決定前往位於帕底瓦地區的葡萄學園進行研修，和新的同伴相遇，決心要和皮卡丘和新的寶可夢，一起奪回世界冠軍之名。