在樸實無華的現代社會中，一個女人的出現震驚了全世界。她的代號叫做鬼牌，是個恐怖份子。今天，她毀滅了這整個世界。將大量的喪屍病毒氣體流放到世界各處。一天過後，人類世界毀滅。活人成為稀有物種，到處都是專吃人肉的喪屍。在如此環境下，兩組人馬開始行動。

　　身為警察的紀元遇上了一個身穿皮套的男人，男人自稱假面騎士，代號末世。他的存在象徵了這個破敗世界的齒輪，該開始轉動了。他要紀元放下過去，才能得到真正的心平。打倒鬼牌，為的不是復仇，而是正義。紀元必須往前看，才能看到真正被遺漏的線索。五年來，紀元只在乎復仇，所以拒絕跟任何人交流，導致他錯過一次又一次的機會。現在，假面騎士是他最大的機遇。

　　另一方面，武藏是個沉迷於電子毒品遊戲的男孩。他在遊戲中擔任魔王的角色，被人稱為不敗的魔王。為了研究大災難的真相，他開始在遊戲中四處奔波。最終，找到了那座被勇者守護的圖書館，得知了真相。同時，也才發現這是個陷阱。被幕後主使的尼麥加公司抓住，修改了記憶。

　　紀元為了得知真相，去到了提姆波頓教的中心，從管理層的青蟲那裏得到了台北實驗室的情報。途中，遇上了瀕臨破產的紅鶴幫，還有紀元的原上司。在一番打鬥與交涉後，得到了最後的情報，鬼牌的真實身分，正是所有人堅信的善良科學家阿爾伯特．貝博士。而她就在尼麥加公司之中。

　　在取得實驗室的情報後，紀元鎖定了原本找不到的尼麥加公司地址。他們闖了進去，打倒了一眾守衛和無數假面騎士後，來到了武藏面前。武藏與假面騎士展開了激戰，兩人雙雙耗盡了體力與精神力，倒在地上。但是，有個男人站了起來，那便是武藏。武藏想起了自己的記憶，接手了假面騎士的稱號，往那扇門前進。光芒吞噬了他們。而後，末日結束，新世代降臨。