宮本武藏，人頌外號天下無雙。一場與海上盜賊戰鬥的故事，被賣報的小販看見。他看見被劈成兩半的大海、賊船，以及無數落地的人頭。小販將這名英勇對抗盜賊的男人，稱呼為天下無雙。從此之後，這項美名漸漸從小村落的一隅慢慢展開。直到整個幕府、日本，還有海外的所有人都知道這件事。宮本武藏，實乃天下無雙！

　　宮本武藏有何目的？他的心中一直都有一個夢想，那就是天下太平。為了達成此願望，宮本武藏可以斬了任何賊人，就算是天，或者是神、妖怪都可以斬給人們看。在他的回憶中可以知道，這個願望是同門的師傅、師兄等人的遺願。原本應該開心快樂過完童年的宮本武藏，因為同門都被那男人所殺，而走上了復仇之路。那男人便是炯楠光。

　　在神泣街，宮本武藏收留了住在邊屋的流浪孤兒，佐佐木小次郎。宮本武藏看上了他的刀術才能，把他送到了京城學習，並且跟他立下誓言，在五年後打倒自己，奪取那天下無雙的美名！直到最後，佐佐木小次郎也沒忘記這件事，真就如同約定的那樣，將宮本武藏一刀兩斷。

　　在死之前，武藏救下了賊人無雲痕，並且要他世世代代歌頌將軍免罪的大肚美名。而無雲痕則希望宮本武藏打倒自己的友人，死餞別。此刻，又有事情來亂。將軍生了怪病，誰也治療不好。宮本武藏聽從兵鬼的指示，前去鞍馬山下取藥。然而，這一切都是兵鬼設計好的騙局！這女人想要殺死宮本武藏，派了大量兵力圍剿，卻一點收獲也沒有，反倒是宮本武藏知道了背後的指使者，炯楠光。

　　宮本武藏在替將軍拿回密藥後，便成了通緝犯。他開始了流浪日本的生活。途中，斬了海坊主、牛鬼、鬼怪以及好友柳生宗矩。最終，在一場送現存官員逃出海外的事件中，遇上了兵鬼。兩人互相殘殺。最終，宮本武藏取得勝利，並且也知道了炯楠光的所在地，牛火村的確切位置。

　　在解決完所有炯楠光的部下後，宮本武藏見到了這個殺害同門的師兄。刀刃相向，最終達成和解。然而，在和解的那一瞬間，炯楠光被人所殺。那人便是佐佐木小次郎！他跟宮本武藏的最終決戰，以勝利宣告結束。宮本武藏被佐佐木小次郎劈成兩半，而他在生命的最後，僅僅是佩服這位曾經的弟子，真的長大了。