西元2035年，一顆堪比隕石大小的黑核君臨世界，但它並沒有墜落而是懸掛於高空中，而是散發足以將人類以外的動物異變成殘暴魔物的輻射，從此，人類為了躲避魔物的廝殺而分別逃到「天空之城」與「地下城」。



為了對付魔物，人類開發出專門對付魔物的「神器」與「魔法」，直到現在——西元2175年，第四代神器「燕鷗」已然能有效斬殺魔物。



而一切故事從一名被收養至地下城的男孩。16歲，是一位職業殺手。受到Master的指示，不會使用燕鷗的他，將前往天空之城的「聖塔莉茲」軍校就讀。