時間控制者的故事講述的是環繞於主角「陳萬昇」身邊所發生的故事。無論任何一步都將可能造成未來重大的改變。在得到故事劇情中的時光機器「懷錶」以及「燈道研究室」的幫助下，萬昇基本上是能穿梭時間的，雖說限制不少，但這對在失去摯愛之前都只是正常人的主角來說是一個機會，也是踏上不同旅程的開始。究竟主角與其他大學同學的那四人和研究室的成員會迎來如何的結局，就請各位耐心等待劇情的進展了。
故事大致上講述「蝴蝶效應」「平行世界」「時間穿梭」「偽科學理論」為主，在故事作品中會有不少解說。另外外傳的部分與本篇毫無連貫關係，以故事架構來說可當成是本篇的「別的時間線／平行世界」來看待。在觀看本故事前請先觀看序章喔！